ميللر وأوري البيئة البدائية باستخدامهما خليطا من الميتان والأمونيا. حسب اعتقادهم أن الأرض كانت مخزنا حقيقيا لمزيج حقيقي متجانس من المعدن، والصخور والجليد. إلا أنه، ومن خلال الدراسات الأخيرة، ثبت أن الأرض كانت في تلك الأزمان حارة جدا وأنها كانت تتكون من النيكل والحديد المصهورين، لذلك فإن البيئة الكيميائية لذلك الزمن كانت تحتوي بالدرجة الأولى على النتروجين N2 وثاني أكسيد الكربون CO2 وبخار الماء H2O. ومع ذلك لم تكن ملائمة، كما هما الأمونيا والميتان، لإنتاج جزيئات عضوية)

بالإضافة إلى ذلك؛ فإن التجارب المنتجه للاحماض الامينيه تفترض الغياب الكلى للاكسجين لانه عدو للتجربه مع أنه كان متواجدا بوفره فى جو الارض البدائى، فالباحثون الآن متأكدون تماما من أن غاز الاكسجين كان موجودا على الأرض في وقت مبكر لأن غلافها احتوى على الكثير من بخار الماء، والإنحلال الضوئي للمياه الناجم عن الأشعة فوق البنفسجية في الغلاف الجوي العلوي سيكون مصدرا رئيسيا للأكسجين الحر في الغلاف الجوي حيث أنتج الأكسجين بمعدلات مرتفعه للغاية على الأرض البدائية، لعدم وجود درع الأوزون (المصنوع من الأكسجين) لمنع ضوء الأشعة فوق البنفسجية، وكشف تحليل أقرب عصور ما قبل الكمبري للصخور الرسوبية على وجود الأكسجين الحر، وبمستويات مماثلة لما هو عليه اليوم.

كما نشرت مجلة العلوم عدد ديسيمر 1995 مقالا لجون كوهين يظهر ذلك بوضوح ويؤكد مخالفة جو الارض البدائى المفترض أن تحاكيه تجربة ميلر لما افترضه ميلر تماما مما يؤكد عدم صلاحيتها.

وقد تم العثوربواسطة الجيولوجين فى طبقات الارض القديمه على المعادن المؤكسدة (الهيماتيت) في وقت مبكر قبل 3.8 مليار سنة كدليل لا يقبل التشكيك على وجود الاكسجين بمعدلات مرتفعه جدا كما هى الان.