وتلعب كروموسومات الجنس دورًا هامًّا آخر في تحديد الصفات الموروثة للذكور والإناث، إن زوج الكوموسومات التي تحدد الجنس تحتوي أيضًا على جينات أخرى, ولما كانت المادة الكروموسومية للذكور تختلف عنها في الإناث، فإن التكوين الجيني الأساسي يكون مختلفًا، وبالتالي أيضًا الصفات الناتجة.
والعملية ببساطة يمكن تلخيصها كما يلي:
1- الكروموسوم "س" أكبر من الكروموسوم "ص"، ويحتوي على عدد أكبر من الجينات.
2- الذكور لديهم كروموسوم "س" واحد فقط، ولذلك فليس لديهم كروموسوم ثانٍ ذو نشاط مضاد "جينة واحدة تحدد الصفة, وليس زوجان من الجينات".
3- في الذكور جينة معينة توجد على الكروموسوم "س"، وليس على الكروموسوم "ص" هي التي تحدد صفات النسل.
4- تختلف العملية بالنسبة للإناث؛ لأن كل خلية جنسية تحمل كروموسومات "س"، وبالتالي جينات مزدوجة، والجينة المتنحية يجب أن تحدث على كلا الكروموسومين لكي تحدث الصفة: شكل "19". هذا والصفات المرتبطة بالجنس مثل: عمي الألوان، الهيموفيليا "انعدام تجلط الدم"، المهق "الشقرة" albino، الصلع, ونوع ما من سوء التغذية؛ حيث تتضمَّن جينات متنحية تؤدي إلى هذه المظاهر الجسمية السلبية, ونظرًا لأنَّ العمى اللوني والصلع والهيموفيليا أكثر ظهورًا في الرجال وندرة عند النساء، فإنه يفترض ارتباطها بمورثات الجنس, فإذ اتَّحد كروموسوم "س" يحمل أحد هذه الأمراض مع كروموسوم "ص", فسوف يظهر المرض في الخلف الذكر، أمَّا إذا اتحد نفس الكروموسوم "س" الحامل للمرض مع "س" أخرى، الميل إلى الصحة الموجود في س السليمة يلغي المرض, وتولد الأنثى ليس لديها المرض المرتبط بالجنس، والاستثناء غير العادي هو الذي يتمخَّض عنه النادر من حالات المرض في النساء أن ترث الأنثى من خيلتين "س" كلتيهما حاملة للمرض.