ولما انقسمت شبه القارة الهندية في عام ألف وتسعمائة وسبعة وأربعين من الميلاد إلى الهند وباكستان ضعفت حركة هذه الجمعية لفترة ما، وفقدوا بسبب ذلك أكبر مؤسسة تعليمية لهم، وهي دار الحديث الرحمانية "بدهلي" وعندئذ سارعوا إلى تشكيل الجمعية من جديد في كلتا الدولتين؛ فاستعادتا قوتهما وأسسوا الجامعات والمعاهد والمدارس الجديدة؛ لتلبية حاجات العصر وتدريس علوم الكتاب والسنة على مذهب السلف الصالح.
ومن أبرز الجامعات التي اعتنوا بها وأنشئوها في الهند: الجامعة السلفية "ببنارس" وهي أكبر جامعة عربية إسلامية في الهند، تأسست في عام ألف وثلاثمائة وثلاثة وثمانين من الميلاد، بالإضافة إلى الجامعة الرحمانية تأسست عام ألف وثلاثمائة وثلاثة وثمانين من الهجرة النبوية بالإضافة إلى الجامعة الرحمانية، والجامعة الأحمدية السلفية، وجامعة دار السلام "بعمر أباد" والجامعة السلفية بالقرية السلفية في "كدا" والجامعة الإسلامية في "بومباي" وجامعة ابن تيمية وجامعة الإمام البخاري -رحمهما الله تعالى- في "بيهاور".
أما في باكستان: فإن الجامعة السلفية "بفيصل آباد" تعد أول وأكبر جامعة إسلامية تأسست في باكستان بعد الانفصال، وذلك في سبعة شعبان ألف وثلاثمائة وأربع وسبعين من الهجرة النبوية بالإضافة إلى الجامعات الأخرى.
وأود بعد الحديث عن تأسيس الجامعة في العصر الحاضر أن أذكر أبرز الشخصيات التي كانت في جماعة أهل الحديث، وابدأ بأبرزهم في باكستان، ومن أبرزهم الشيخ محمد داود الغزنوي، وهو من المؤسسين لجمعية أهل الحديث بباكستان، وأول رئيس لها وشارك العلامة محمد إسماعيل في تأسيس الجامعة