والميزة الأخرى لهذا النظام هو بعض الصلاحيات التي تتاح للمرجع، بحيث يصبح قاضيا بين أتباعه، يساهم في فك النزاعات بينهم بحسب الأحكام الشرعية، بالإضافة إلى توليه أو تولي وكلائه حل المشاكل التي قد يقعون فيها.

وهم لذلك يضعون له قداسة خاصة تخول له أن يكون له من السلطة في قلوب الناس ما يجعلهم يخضعون له ولأوامره، كما قال العلامة محمد رضا المظفر: (عقيدتنا في المجتهد الجامع للشرائط، أنه نائب للإمام في حال غيبته، وهو الحاكم والرئيس المطلق، له ما للإمام في الفصل في القضايا والحكومة بين الناس، والراد عليه راد على الإمام والراد على الإمام راد على الله تعالى، وهو على حد الشرك بالله)[1]

ومن مزاياها أيضا ـ والتي أساء فهمهما المغرضون ـ استقبال المرجع للمساهمات المالية، لا لشخصه، وإنما لتوزيعها على الأصناف التي ورد الأمر الشرعي بتوزيعها لها، ومن بينها المؤسسة الدينية نفسها، من المدارس الدينية، ونشر الكتب ونحوها[2].

وهو ما جعل النظام الديني عند الشيعة مستقلا تماما عن الساسة والسياسيين، على خلاف ما نراه في المؤسسات الدينية السنية، والتي تأخذ أموالها من الدولة، والتي تفرض بعد ذلك سلطتها عليها لكونها تابعة لها.

وهذا لا يعني استقلالية هذه المؤسسة عن الشعب، بل هي تابعة له، وتخدم مصالحه، وهو يراقبها بعد إعطائها من ماله، وكيفية توزيعه.

[1] عقائد الإمامية، المظفر، ص 45..

[2] ولهذا نرى للحوزات العلمية التابعة للمراجع أوقافاً عديدة، كالمدارس، والمكتبات، وبيوت سكن للطلبة، والعلماء، وغيرها، والطابع العام لإدارة هذه الأوقاف:احترام إرادة الواقف ومتولي الوقف فيها، وغالباً ما تشترط وقفيتها إشراف المرجع العام، أي الذي يرجع اليه أكثرية الشيعة في العالم، والذي يحترم رأيه وتوجيهاته في إدارة الحوزة وطلبتها.. ويقوم المرجع عادة برعاية هذه الأوقاف ومساعدتها مالياً، لتواصل العمل لهدفها الذي نصت عليه وقفيتها، كما يقوم بتأسيس المشروعات اللازمة للحوزة من مدارس أو مساكن أو مكتبات.