الموجودة في الأصول والتفسير، وغالباً ينقل كلمات غيره في هذه المرحلة.

وفي القسم الثاني: يظهر صدر المتألهين بسمة فيلسوف عميق وعارف كبير، فيفسر القرآن العظيم على المنهج العرفاني، مع التأييد بالبرهان من العقل والقرآن الكريم، وقد قال يذكر ذلك: (وذكرت فيها لب التفاسير المذكورة في معانيها، ولخصت كلام المفسرين الناظرين في مبانيها، ثم أتبعتها لطيفة الحال والمقام، وأردفتها بفوائد شريفة يفضيها المفضل المنعام)[1]

وقد أشاد به وبمنهجه في التفكير الكثير من الفلاسفة والمفكرين، ومنهم الاستاذ محمد رضا المظفر الذي قال في مقدمة الأسفار: (يلذ لي الحديث كثيراً عن المولى صدر الدين محمد بن ابراهيم الشيرازي.. وأنا أحد المعجبين بعقله، وسمو نفسه، وقوة عارضته، وحرية تفكيره، وحسن بيانه، ونضج أفكاره، وصراحته في الإعلان عن آرائه، مع ما لاقى من عنت وتفكير، وكل ذلك استشعرته من كتبه ورسائله، قبل أن أفهمه من حديث الناس المترجمين له.. والحق: أن صاحبنا من عظماء الفلاسفة الإلهيين، الذين لا يجود بهم الزمن إلا في فترات متباعدة من القرون، وهو بعد المدرس الأول لمدرسة الفلسفة الإلهية في هذه القرون الثلاثة الأخيرة في البلاد الإسلامية الإمامية، والوارث الأخير للفلسفة اليونانية والإسلامية، والشارع لهما، والكاشف عن أسرارهما.. وكل من جاء بعده من الفلاسفة في هذه البلاد فإن فخر المجلي منهم أن يقال عنه: إنه يفهم اسرار كلامه أو إنه تلميذه ولو بواسطة، ومن الطريف حقاً أن نجد أساتذة فن المعقول ـ كما يسمونه ـ يفتخرون باتصالهم به في سلسلة التلميذة، حتى أن بعضهم يبالغ في حفظ اسماء أشخاص هذه السلسلة، كالعناية بسلسلة رواة الحديث، وأكثر من ذلك أن شيخنا وأستاذنا العظيم المحقق الحجة الشيخ محمد حسين

[1] تفسير القرآن الكريم 6 / 141 ، مقدمة تفسير سورة الحديد.